Durant el seu període de formació, Moreno va guanyar, entre altres, el primer premi en l’Incontri Chitarristici di Gargnano (1977). S'ha especialitzat en la interpretació històrica, amb un repertori molt ampli (des del segle XVI a principis del XX) que interpreta amb instruments d'època, originals o còpies fidedignes: viola de mà, guitarra renaixentista i barroca, llaüt renaixentista i barroc, tiorba i guitarra clàssica-romàntica. De fet, José Miguel Moreno és unànimement reconegut com un dels grans especialistes del moment i ha actuat en els festivals i centres musicals més importants d'Europa, Austràlia, Àsia i Amèrica.

Premiat amb diversos guardons que atorga la premsa especalizada, ha col·laborat regularment amb Teresa Berganza i realitzat nombroses gires i enregistraments amb Hespèrion XX (entre elles, les Lachrimae de John Dowland, per a llaüt i conjunt de violes). El 1990 va fundar l'Ensemble La Romanesca i el 1999 el conjunt Orphenica Lyra, dedicats tots dos a la interpretació de la música renaixentista i barroca espanyola i europea. La seua tasca pedagògica, desenvolupada des del 1980, l’ha portat a ser professor convidat d'universitats, conservatoris i cursos a Europa, Amèrica i Àsia. Al costat de la luthier Lourdes Uncilla ha investigat durant anys la construcció històrica dels instruments de la família del llaüt i la guitarra. José Miguel Moreno ha gravat per a Philips, EMI, Glossa, Deutsche Harmonia Mundi i Astrée.